辦公室（黨委辦公室）
承擔(dān)機(jī)關(guān)日常運(yùn)轉(zhuǎn)，承擔(dān)文秘、信息、政務(wù)公開、會(huì)務(wù)、信訪、機(jī)要保密、檔案、督查督辦等工作；統(tǒng)籌稅收宣傳工作；負(fù)責(zé)機(jī)關(guān)后勤事務(wù)的管理、保障和服務(wù)工作；組織實(shí)施績(jī)效管理和數(shù)字人事管理工作。
法制股
承擔(dān)組織實(shí)施依法行政工作；承擔(dān)規(guī)范性文件合法性審查、合規(guī)性評(píng)估、備案審查、清理等工作；組織辦理行政復(fù)議、行政訴訟等事項(xiàng)。
稅政股
承擔(dān)增值稅、消費(fèi)稅、車輛購置稅和進(jìn)出口稅收的征收管理工作，對(duì)相關(guān)稅種和進(jìn)出口稅收具體業(yè)務(wù)問題進(jìn)行解釋和處理。承擔(dān)組織實(shí)施企業(yè)所得稅、個(gè)人所得稅、房產(chǎn)稅、城鎮(zhèn)土地使用稅、土地增值稅、契稅、城市維護(hù)建設(shè)稅、印花稅、資源稅、環(huán)境保護(hù)稅、車船稅、耕地占用稅、煙葉稅等征收管理工作，對(duì)具體業(yè)務(wù)問題進(jìn)行解釋和處理。
國際稅收管理股
承擔(dān)組織實(shí)施國家（地區(qū)）間稅收條約（安排）；承擔(dān)跨境稅收管理工作；組織實(shí)施反避稅工作；負(fù)責(zé)外事管理。
社會(huì)保險(xiǎn)費(fèi)和非稅收入股
承擔(dān)組織實(shí)施基本養(yǎng)老保險(xiǎn)費(fèi)、基本醫(yī)療保險(xiǎn)費(fèi)、失業(yè)保險(xiǎn)費(fèi)、工傷保險(xiǎn)費(fèi)、生育保險(xiǎn)費(fèi)和有關(guān)非稅收入的征收管理工作；參與有關(guān)社會(huì)保險(xiǎn)費(fèi)和有關(guān)非稅收入征收的政策輔導(dǎo)、咨詢服務(wù)、法律救濟(jì)等工作。
收入核算股
承擔(dān)本單位稅收、社會(huì)保險(xiǎn)費(fèi)和有關(guān)非稅收入預(yù)算目標(biāo)任務(wù)并依法組織實(shí)施；承擔(dān)統(tǒng)籌協(xié)調(diào)組織收入工作，開展收入預(yù)測(cè)分析、預(yù)警分析和收入質(zhì)量管理；承擔(dān)本單位稅收經(jīng)濟(jì)分析工作。
納稅服務(wù)股
承擔(dān)組織開展納稅服務(wù)（含繳費(fèi)服務(wù)）工作；組織實(shí)施面向納稅人、繳費(fèi)人的稅法宣傳、納稅輔導(dǎo)、咨詢服務(wù)、辦稅服務(wù)和權(quán)益保護(hù)等工作。
征收管理股
承擔(dān)組織落實(shí)綜合性稅收征管法律、法規(guī)、規(guī)章及規(guī)范性文件；組織實(shí)施稅務(wù)登記、申報(bào)納稅、欠稅（費(fèi)）、普通發(fā)票、個(gè)體工商戶等征管工作；承擔(dān)各類稅收征管信息系統(tǒng)業(yè)務(wù)維護(hù)工作。
稅收風(fēng)險(xiǎn)管理股
承擔(dān)上級(jí)局下發(fā)風(fēng)險(xiǎn)應(yīng)對(duì)任務(wù)的整合和推送；承擔(dān)各類稅收數(shù)據(jù)、社會(huì)保險(xiǎn)費(fèi)和有關(guān)非稅收入數(shù)據(jù)的采集、分析應(yīng)用、共享交換等事項(xiàng)。
財(cái)務(wù)管理股
承擔(dān)組織實(shí)施預(yù)決算、基建、會(huì)計(jì)核算、財(cái)務(wù)內(nèi)控和政府采購、固定資產(chǎn)等工作。
組織人事股
承擔(dān)人事、機(jī)構(gòu)編制、干部考核、勞動(dòng)工資等工作；負(fù)責(zé)教育培訓(xùn)工作。
機(jī)關(guān)黨委（黨建工作股）
負(fù)責(zé)機(jī)關(guān)和派出機(jī)構(gòu)黨群工作；統(tǒng)籌承擔(dān)機(jī)關(guān)黨員教育、管理、監(jiān)督和服務(wù)工作。
根據(jù)有關(guān)規(guī)定，設(shè)置黨委紀(jì)檢組，名稱為“中共國家稅務(wù)總局南通市海門區(qū)稅務(wù)局委員會(huì)紀(jì)律檢查組”。承擔(dān)機(jī)關(guān)和派出機(jī)構(gòu)黨的紀(jì)律檢查工作。