區財政局負責貫徹落實中央關于財政工作管理工作的方針政策及省委、南通市委和海門區委的決策部署，在履行職責過程中堅持和加強黨對財政工作的集中統一領導。主要職責是：
（一）擬訂全區財稅政策、發展規劃及改革方案并組織實施。分析預測財政經濟形勢，研究提出運用財稅政策推進高質量發展、綜合平衡社會財力、促進區域協調發展和推進基本公共服務均等化等方面建議。研究提出社會收入分配政策建議，完善鼓勵公益事業發展的財稅政策。
（二）負責財政、財務、會計、政府采購等地方性政策規定草案起草工作。會同有關部門擬訂地方性財稅規范性文件；改革完善區鎮財政管理體制，指導區鎮財政部門開展財政管理工作。
（三）負責區級各項財政收支管理。編制年度區級預決算草案并組織執行。受區政府委托向區人民代表大會及其常委會報告區級年度預算、執行和決算等情況。組織制定區本級經費開支標準、定額，審核批復部門（單位）的年度預決算。負責政府性基金預算編制和管理工作。組織實施區級預決算公開。
（四）組織實施預算績效管理。研究建立全方位、全過程、全覆蓋的預算績效管理體系。負責擬訂預算績效管理工作的有關政策、制度和實施辦法。組織開展區級預算績效管理工作。
（五）負責政府非稅收入管理。貫徹執行國家、省及南通市非稅收入政策，擬訂全區非稅收入管理制度，按規定管理政府性基金、行政事業性收費和其他非稅收入。管理財政票據。協助監管彩票市場，按規定管理彩票公益金。組織擬訂國有土地、海域海島、礦產等國有資源收入政策，參與國有土地、海域海島、礦產等國有資源使用政策的研究和制度改革。參與住房保障政策研究，管理住房改革預算資金。參與治理亂收費、減輕企業和農民負擔工作。
（六）擬訂并組織實施國庫管理、國庫集中收付制度，指導和監督國庫支庫業務，按規定開展國庫現金管理工作。組織編制政府財務報告。承擔政府采購政策制度的制定、執行和監督管理。
（七）承擔地方政府債務管理工作。貫徹執行國家、省及南通市政府債務管理政策和制度，擬訂地方政府債務管理制度。負責政府債務余額限額管理，組織開展地方債券發行等相關工作。防范化解政府隱性債務風險。承擔國外貸款管理有關工作。
（八）牽頭編制國有資產管理情況報告。擬訂全區行政事業單位國有資產管理相關政策制度，組織開展區級行政事業單位國有資產管理工作。
（九）擬訂支持產業發展、促進產業結構調整、鼓勵地方金融業發展和引導金融支持實體經濟的財政政策并組織實施。負責辦理和監督區級財政經濟發展支出財政撥款。負責審核和匯總編制國有資本經營預決算草案。承擔全區政府與社會資本合作管理工作。承擔區級政府投資基金管理工作，負責政府投資基金區級財政出資的資產管理。
（十）參與擬訂政府投資建設項目有關政策，制定政府投資建設項目財務管理制度。負責牽頭建立政府投資建設項目資金庫，研究開發項目資金庫管理信息系統。參與政府投資建設項目的論證入庫，編制區本級年度政府投資建設項目資金計劃和財政資金預算，負責辦理和監督政府性投資項目財政撥款,組織開展政府投資建設項目財政投資評審活動，實施項目全過程投資控制。
（十一）擬訂支持行政政法、教科文等改革與發展的財政政策。擬訂行政事業性經費財務管理制度，監督執行行政事業單位財務會計制度。參與擬訂自然資源和生態環境領域發展規劃和政策。
（十二）參與擬訂有關社會保障政策。負責審核和匯總編制全區社會保險基金預決算草案，擬訂和執行社會保障資金（基金）財務管理制度，承擔社會保障資金（基金）財政監管工作。
（十三）擬訂財政支持農業農村發展和農村綜合改革政策并負責相關資金管理。擬訂財政支農資金管理制度，承擔財政支持實施鄉村振興戰略相關工作。指導全區區鎮財政建設工作。
（十四）依法管理全區會計工作。監督和規范會計行為，組織實施國家統一的會計制度。
（十五）承擔財稅法律法規、規章和政策執行情況、預算管理有關監督工作，反映財政收支管理中的重大問題，提出加強財政管理的政策建議，依法處理財政違紀違規行為。
（十六）制定財政科學研究和教育規劃。組織財政干部職工培訓。負責財政信息化建設和財政信息宣傳工作。
（十七）會同有關部門擬訂國有資本經營預算有關管理制度和辦法，按照有關規定負責國有資本經營預決算編制和執行等工作。
（十八）完成區委、區政府交辦的其他任務。
（十九）職能轉變。
1．強化財政經濟形勢分析，建立健全重大問題研究和政策儲備工作機制，提升財政經濟監測預測預警能力。
2．深化財稅體制改革。加快建立現代財政制度，完善轉移支付制度，優化支出結構，全面實施績效管理，建立全面規范透明、標準科學、約束有力的預算制度。推進財政事權和支出責任劃分改革，建立權責清晰、財力協調的區鎮財政關系。全面推行政府性基金和行政事業性收費清單管理，完善監督制度。落實國家、省深化稅收制度改革部署，建立規范、穩定、可持續的地方稅體系。
3．防范化解地方政府債務風險。規范舉債融資機制，構建科學有效管理體系，嚴控法定限額內債務風險，著力防控隱性債務風險，督促區鎮有效落實隱性債務化解方案，確保不發生系統性風險。