（一）辦公室。負責機關日常運轉，承擔文電、會務、機要、檔案、信息、保密、新聞宣傳、輿情應對、政務督查、政務公開等工作；牽頭負責系統安全生產工作；承擔機關資產管理、后勤保障等工作；承擔機關及所屬單位的干部人事、機構編制、勞動工資、教育培訓及系統內出國（境）人員政審報批等工作；承擔局管干部及領導班子建設的有關工作；承擔自然資源行業專業技術職稱申報、評審工作，組織指導所屬事業單位的專業技術職稱評聘工作；組織指導自然資源干部人才隊伍建設和基層自然資源所建設；承擔系統內目標管理考核、機關工作人員考核等工作。
（二）財務審計科。承擔機關各項行政事業性收費和自然資源專項基金的征收、使用及管理工作；擬訂有關財務及資產管理制度規定并組織實施；負責機關及所屬單位的財務、國有資產監管；負責機關及所屬單位行政事業經費的統一管理；承擔國家和省財政撥給的自然資源工作經費、專項經費及其他資金的管理工作；協助財政、稅務部門做好有關稅費的征收工作；負責監督管理機關及所屬單位的政府采購工作；按干部管理權限對領導干部進行經濟責任審計；承擔機關內部審計工作，組織指導所屬單位內部審計工作；負責對系統內執行財經法紀、財務收支以及有關經濟活動中重大事項實施審計監督；協助配合財政、審計部門開展財務檢查與審計工作。
（三）空間規劃科。貫徹執行國土空間規劃相關政策，承擔建立全市空間規劃體系工作并監督實施；牽頭開展城鄉統籌發展、新型城鎮化、主體功能區等規劃研究；組織編制全市國土空間規劃并監督實施；承擔報省政府和南通市政府審批的國土空間規劃的初審工作，承擔報海門市政府審批的國土空間規劃的論證、審查、報批工作，指導和審查全市涉及國土空間開發利用的重要專項規劃；指導協調區鎮國土空間規劃、專項規劃、詳細規劃的編制與實施；開展全市國土空間開發適宜性評價，逐步建立國土空間規劃實施監測、評估和預警體系；負責農村發展、鄉村振興涉及規劃的政策落實等相關工作；組織開展全市鎮村布局規劃優化完善工作；指導編制各類村莊規劃和鄉村建設專項規劃；負責城市詳細規劃相關政策研究、標準制定和規范化管理工作；組織開展城市規劃區控制性詳細規劃、修建性詳細規劃的戰略研究工作；負責并指導全市控制性詳細規劃、相關專項規劃的編制、論證和報批工作；承擔城市規劃研究工作并指導區鎮開展規劃研究；參與制定城市規劃編制項目年度計劃；參與跨區域重要項目的可行性研究，牽頭負責跨區域項目選址初審工作；參與跨區域重要項目、重大基礎設施規劃工作的協調與對接。
（四）建設規劃科。負責全市建設項目規劃條件擬定及上報工作；負責宗地面積2公頃以上新建項目的修建性詳細規劃審核和上報工作；負責全市經規劃許可的在建項目的驗線、規劃核實工作；負責對城鄉規劃編制單位或勘察設計單位依法開展相關城鄉規劃工作進行登記備案；負責對全市歷史街區、歷史地段、歷史建筑保護規劃的監督檢查；參與國土空間規劃、控制性詳細規劃、相關專項規劃的審查；參與全市（含風景名勝區）建設項目選址意見書、建設用地規劃許可、臨時建設用地規劃許可的規劃研究工作；參與建設項目建設工程設計方案、擴初設計會審；參與全市經規劃許可的在建項目的監督檢查、協調聯絡；參與全市專業性強的違反規劃的認定工作；負責組織全市市政與交通規劃的政策研究和制度制定；負責公共地下空間的規劃管理；參與全市公用設施類項目、綠地（含景觀水系）、廣場類項目和道路、橋梁及公共停車場等各類交通設施選址意見書、建設用地規劃、建設用地規劃許可、建設工程方案、建設工程規劃許可、臨時建設工程規劃許可的技術審查工作；參與各類建設項目管線工程方案的會審；參與全市市政、交通類具體項目的規劃研究工作，參與全市重要市政、交通類項目的協調與推進；參與全市管線工程的普查和管線數據的管理；參與全市國土空間規劃、控制性詳細規劃的編制、審查和論證；參與全市重大公用設施與綠化、重大交通設施項目的規劃選址研究；承擔全市歷史文化名城、名鎮、名村以及歷史街區各類規劃的編制組織工作；協調指導全市歷史文化街區、歷史建筑的保護修繕工作；參與全市歷史文化保護相關政策研究工作；參與涉及全市歷史文化名城保護的各類建設項目的技術審查工作；負責全市風景名勝區的管理工作，組織編制風景名勝區總體規劃、詳細規劃并監督實施，負責對全市風景名勝區的規劃實施情況、資源保護狀況進行監督檢查；參與審核風景名勝區及周邊控制范圍內新建建（構）筑物的項目及設計方案。
（五）執法監督科（法規科）。承擔自然資源管理方面重大行政決定的合法性審查；承擔有關規范性文件的合法性審查、備案和清理工作；負責自然資源領域的規范性文件起草工作；組織開展自然資源法治宣傳教育；推進自然資源部門依法行政工作；牽頭負責行政復議、行政應訴等有關工作；牽頭協調信訪工作；擬訂全市自然資源執法監督和違法案件查處的有關規定；查處全市自然資源和國土空間規劃違法案件；對自然資源和國土空間規劃的方針政策、決策部署和法律法規執行情況進行監督檢查；指導自然資源執法機構和隊伍建設，組織自然資源執法人員的業務培訓。
（六）調查監測科（自然資源確權登記科）。承擔組織編制自然資源發展戰略、中長期規劃和年度計劃工作；開展自然資源領域重要問題調查研究，組織開展自然資源管理形勢分析；負責起草重要文件文稿，協調自然資源領域綜合改革有關工作；負責綜合統計和專業統計歸口管理；承擔自然資源領域軍民融合深度發展工作；擬訂自然資源科技發展規劃、計劃并組織實施；貫徹執行有關技術標準、規程規范，組織實施自然資源領域重大科技工程、項目計劃及創新能力建設；負責組織全市自然資源科技項目申報、科技成果評審工作；承擔自然資源領域科技成果管理和科技人才培養工作；承擔自然資源對外交流與合作工作；負責自然資源信息化管理工作；貫徹執行自然資源調查監測評價的指標體系和統計標準，落實自然資源定期調查監測評價制度；定期組織實施全市自然資源基礎調查、變更調查、動態監測和分析評價；開展水、森林、濕地資源和地理國情等專項調查監測評價工作；承擔自然資源調查監測評價成果的匯交、管理、維護、發布、共享和利用監督；貫徹執行各類自然資源和不動產統一確權登記、權籍調查、不動產測繪、爭議調處、成果應用的政策、制度、標準、規范；審核用于不動產登記的測繪成果；組織開展全市自然資源和不動產登記工作，指導監督區鎮自然資源和不動產確權登記工作；建立健全全市自然資源和不動產登記信息管理基礎平臺；指導全市地質勘查工作，參與地質勘查行業管理，編制地質勘查規劃并監督檢查執行情況；組織全市公益性地質調查和礦產資源勘查評價；承擔地質災害的預防和治理工作，監督管理地下水過量開采及引發的地面沉降等地質問題；執行礦業權管理政策，承擔礦業權審核及市本級登記發證的采礦權審批登記和出讓工作，依法調處權屬糾紛；組織實施保護性開采的特定礦種、優勢礦產的開采總量控制及相關管理工作；擬訂全市礦產資源規劃并組織實施，監督指導礦產資源合理利用和保護；承擔礦產資源儲量備案、登記、統計和信息發布及壓覆礦產資源相關管理工作；實施礦山儲量動態管理，建立礦產資源安全監測預警體系；承擔市本級登記發證的采礦權價款評估工作；承擔行業安全生產工作；監督地質資料匯交、保管和利用，監督管理古生物化石；擬訂全市基礎測繪管理政策和規劃、計劃并監督實施；組織實施和指導基礎測繪和地理信息資源建設等項目；監督管理全市民用測繪、航空攝影、衛星遙感數據獲取；貫徹執行測繪行業管理政策，監督管理全市測繪活動、質量，指導城市規劃、不動產、海洋、林業、地下管線等測繪工作；管理測繪資質資格和測繪地理信息市場；承擔測繪信用體系建設與管理工作；監督實施地理信息安全保密政策；負責地理信息成果管理和測量標志保護，審核全市重要地理信息數據；負責地圖管理，審查向社會公開的地圖，監督互聯網地圖服務，開展國家版圖意識宣傳教育，協同擬訂界線標準樣圖；提供地理信息應急保障，指導監督地理信息公共服務。
（七）利用管理科。貫徹執行全民所有自然資源資產管理政策，落實全民所有自然資源資產統計制度，承擔自然資源資產價值評估和資產核算工作；編制全民所有自然資源資產負債表，執行相關考核標準；貫徹執行全民所有自然資源資產劃撥、出讓、租賃、作價出資（入股）和土地儲備政策；牽頭負責報省政府和市政府審批的改制企業的國有土地資產處置工作；負責建設項目土地利用情況的監督檢查、跟蹤管理；貫徹執行自然資源資產有償使用制度，承擔自然資源市場交易規則擬訂和交易工作，組織開展自然資源市場調控；負責自然資源市場監督管理和動態監測，推進自然資源市場信用體系建設；落實政府公示自然資源價格體系，組織開展自然資源分等定級價格評估；執行自然資源開發利用標準，開展評價考核，指導節約集約利用，組織開展全市自然資源節約集約利用綜合評價考核工作。
（八）行政服務科。牽頭全市自然資源領域行政審批制度改革工作；負責自然資源、國土空間規劃、林業、海洋、測繪等行政審批事項的審查或審批工作，并限時辦結；參與現場勘查、專家論證和相關技術審查；協調市以上重大項目、重大工程的并聯審批，協調辦理與其他部門聯合審批事項；負責做好與市行政審批局的工作銜接、執法結果反饋等工作；負責事中事后監管事項的牽頭、匯總和評價工作；牽頭“雙隨機、一公開”監管工作和“一張圖”工作。
（九）用途管制科（耕地保護科）。組織實施國土空間用途管制制度規范和技術標準；編制土地、海洋年度利用計劃并組織實施；貫徹執行耕地、林地、濕地、海域、海島等國土空間用途轉用政策；承擔并指導建設項目用地預審工作；承擔報國務院、省政府和市政府審批的各類土地用途轉用的審查（核）、報批與管理工作；貫徹執行城鄉規劃管理等用途管制政策；負責城鄉建設用地增減掛鉤等工作的管理和組織實施；貫徹執行耕地保護政策，組織實施耕地保護責任目標考核和永久基本農田特殊保護，負責永久基本農田劃定、占用和補劃的指導協調、組織實施和監督管理；組織實施并指導區鎮開展耕地占補平衡管理工作，承擔補充耕地指標的調劑和市級統籌管理工作；承擔土地征收征用管理工作；負責耕地保護政策與林地、濕地等土地資源保護政策的銜接；組織指導全市國土空間生態修復工作；承擔國土空間生態修復政策研究工作，擬訂國土空間生態修復規劃并實施有關生態修復重要工程；承擔國土空間綜合整治、土地整理復墾、礦山地質環境恢復治理、海洋生態、海域海岸帶和海島修復等工作；承擔生態保護補償相關工作。
（十）林業海洋科。擬訂全市林業中長期規劃并組織實施，推進國土綠化工作；指導各類生態公益林和商品林的培育、低產低效林改造和退化林修復工作、實施森林質量提升工程；擬訂森林公園發展規劃并監督實施；負責林木種苗管理工作；指導監督全民義務植樹，承擔古樹名木保護相關工作；指導林業科學研究、成果轉化和技術推廣、重大林業科技項目申報等相關工作；承擔林業應對氣候變化相關工作；負責林業統計信息工作；指導林業產業發展；擬訂全市森林資源可持續發展的政策措施，組織編制森林采伐限額并監督實施；承擔林地管理相關工作，組織編制林地保護利用規劃并監督實施；組織編制森林經營規劃和方案并監督實施；監督管理林木憑證采伐、運輸；承擔縣級以上生態公益林的區劃界定、保護和管理相關工作；擬訂濕地公園發展規劃并監督實施；組織開展森林資源動態監測與評價；承擔集體林權制度改革相關工作；組織指導實施相關生態補償制度；負責監督管理自然保護地，擬訂自然保護地發展規劃和相關技術規范并監督實施；組織實施自然保護地生態修復工作；按規定提出新建、調整自然保護地的審核建議并按程序報批；負責陸生野生動物保護相關工作；貫徹落實國家海洋發展、海洋強國建設等重大戰略；擬訂海洋經濟發展、海岸帶（含沿海灘涂）綜合保護利用、海洋功能區劃等規劃、計劃并組織實施；貫徹執行海域海島保護利用、海洋軍民融合發展規劃；參與推動海洋新興產業發展和海洋科技工作；組織開展海洋經濟運行綜合監測、統計核算、調查評估、信息發布工作；貫徹執行海域使用、海岸線保護利用和海島保護利用政策與技術規范，監督管理海域海島開發利用活動；統籌協調沿海灘涂圍墾開發管理工作；負責組織縣級審批用海項目的專家論證，參與報國務院、省政府、南通市政府審批的用海、用島的審查工作；組織開展海域海島使用監視監測和評估，承擔海島名稱及其標志設置、海底電纜和管道管理的有關工作；負責海域行政區域界線勘定和管理；協助領海基點等特殊用途海島的保護管理；配合開展維護國家海洋權益相關工作；貫徹執行海洋觀測預報、海洋科學調查政策和制度；開展海洋生態預警監測、災害預防、風險評估和隱患排查治理，發布警報和公報；建設和管理海洋觀測網；組織開展海洋科學調查與勘測；參與編制并組織實施海洋災害應急預案，參與重大海洋災害應急處置。
機關黨總支。按規定指導和推進自然資源系統黨的建設工作；負責機關和所屬單位的黨群工作；承擔局黨組黨風廉政建設主體責任的日常工作；研究擬定系統內黨風廉政建設和反腐敗工作的具體措施，并進行任務分解；組織開展廉政宣傳教育；協調推進廉政風險排查和防控，推動制度建設；對系統內黨風廉政建設責任制落實和作風建設情況進行監督檢查，并督促問題整改；按規定受理并調查處理有關違紀違法問題線索。