區供銷合作總社機關設6個內設機構：
（一）辦公室
負責文電、會務、機要、檔案、接待、后勤等機關日常運轉工作；承擔新聞宣傳、政（社）務公開、信息、保密、史志編纂等工作；負責紀檢監察、信訪調處、社會治安綜合治理、扶貧幫困、文明創建、衛生創建等工作；負責機關和直屬單位黨建、組織工作；負責機關目標管理考核工作；負責人事調配、勞動工資、職稱評定、職工教育和技能培訓工作；負責機關老干部、工青婦等工作；負責全區供銷合作社社員代表大會的相關工作。
監事會辦公室：承擔區總社監事會的日常工作。
（二）經濟發展科
負責擬訂系統發展規劃及年度工作計劃并組織實施；負責系統電子商務建設、農產品市場建設及產銷對接、農業接軌上海等工作；負責系統項目投資的可行性研究和論證、招商引資、外經外貿等工作；培育發展系統骨干龍頭企業，開展行業對外交流與合作；協調指導總社直屬企業和投資企業的轉型升級和運行管理；負責系統安全生產工作；開展法律服務工作，維護供銷合作社合法權益。
（三）社務與資產管理科（社有資產管理委員會辦公室）
負責指導全區基層供銷社建設、綜合服務社和現代農業綜合服務中心建設，引導成員社發展農民專業合作社及其聯合社、以農民為主體的綜合性合作社；組織參與農業社會化服務體系建設，指導和推動系統開展多種形式的社會化服務；負責新農村現代流通網絡建設；組織指導申報農業綜合開發供銷社示范項目；承擔系統綜合業績考核工作；承擔指導全市合作經濟組織和農產品經紀人隊伍建設及人員培訓工作；負責中國供銷合作社標識的統一推廣使用和規范管理工作；建立健全資產管理制度，負責社有資產的運營管理和監督。
（四）財務審計科
負責編制區總社預決算；負責機關和基層社各類資金的編報、管理、使用和監督；編報系統財務會計報表，編寫財務分析、預測經營發展趨勢；承擔對系統內資產審計監督和重大財務收支、經濟效益的審計調查工作；承辦供銷社改革發展項目專項資金申報、財務審核和績效評價工作；負責對投資企業的股權監管；負責指導、督促檢查系統各單位的財會、審計、統計工作；負責系統財會、審計、統計人員的管理和培訓工作。
（五）企業經營管理科
負責直屬企業日常經營管理，配合協調參控股企業的管理；負責農產品市場建設運營；社有企業遺留問題處置；牽頭大千商貿城綜合管理；承辦區供銷（集團）總公司交辦的其他工作。
（六）安全生產監管科
牽頭擬訂本部門和系統落實安全生產責任制和相關法律法規的工作規劃；指導本部門和系統安全生產綜合監管工作；組織本部門和系統開展安全檢查和專項檢查；負責本部門和系統社有資產的安全管理；負責本部門和系統農藥零差率配供及農藥包裝廢棄物（農膜）回收項目安全工作；綜合協調本部門和系統安全生產工作；參與各類安全生產事故調查工作等。