區交通運輸局設下列內設機構∶
（一）辦公室。負責機關日常運轉，承擔宣傳、信息、保密、信訪、檔案、資產管理、政務公開等工作;組織開展交通運輸行業有關政策研究;承擔重要文件與重要會議文稿的起草工作;組織擬訂交通運輸政策和規范性文件;負責交通運輸行業體制改革和隊伍建設;負責機關及所屬事業單位的機構編制、干部人事和勞動工資等工作;承擔機關及所屬事業單位并指導交通運輸行業人才、職稱、職業資格和技能鑒定工作;承辦機關及所屬事業單位出國（境）報批和政審工作;負責機關及所屬事業單位黨群工作;負責離退休干部工作。
（二）法規科（行政服務科、運輸管理科、市國防動員委員會交通戰備辦公室）。負責交通運輸行業法治工作;承擔規范性文件的合法性審查，承擔行政執法監督、行政復議、行政應訴等工作;指導交通執法隊伍建設，組織開展法制宣傳教育;承擔全市交通運輸綜合行政執法的協調管理工作;負責公路、航道、港口、海事、運輸管理、建設管理、質量監督等交通運輸行政許可工作，并限時辦結;組織實施交通運輸行政許可統一受理、統一審批、統一送達工作;負責推進全市交通運輸“放管服”改革工作;負責擬訂全市貨物運輸及交通物流業發展戰略、規劃、政策、標準并監督實施;負責交通物流市場管理工作;承擔道路、水路貨運、貨運站、機動車維修、機動車駕駛員培訓、營運車輛綜合性能檢測、汽車租賃、運輸服務業等行業管理工作;負責交通運輸從業人員資格管理工作;負責道路運輸車輛技術管理工作;負責機動車維修質量糾紛調解工作;負責道路、水路貨運、機動車維修、機動車駕駛員培訓、營運車輛綜合性能檢測等行業信用管理工作;負責全市道路、水路、城鄉客運發展和管理工作;負責客運樞紐的建設和管理;承擔公共汽車、出租汽車、城際客運、客運站、水路客運等行業管理工作，指導綜合運輸體系建設;負責道路、水路、城市客運行業信用管理工作。指導并監督交通運輸行業節能減排、新能源或清潔能源推廣使用工作;負責全市國防交通戰備動員工作。
（三）工程管理科（農村公路建設管理辦公室）。組織擬訂全市綜合交通運輸體系規劃和公路、航道、港口等發展規劃;參與擬訂鐵路規劃;組織擬訂城鄉客運發展規劃，參與城市客運有關設施的規劃;組織擬訂交通運輸樞紐規劃;指導相關專項規劃編制;擬訂交通運輸行業發展戰略、投資政策，參與擬訂交通運輸行業籌融資政策;組織擬訂公路、鐵路、航道、港口等建設的投資計劃;負責交通運輸行業統計分析和信息發布工作;承擔交通運輸利用外資和對外交流合作工作;承擔交通工程建設項目前期管理工作;擬訂交通工程建設質量發展目標和政策并組織實施;承擔并指導交通建設市場監管，監督管理交通運輸行業和產業項目招標投標工作;承擔公路、水路建設、運營和維護的行業管理工作，負責交通建設工程實施階段程序管理;組織和指導交通建設工程設計、施工、監理、定額造價、試驗檢測的監督管理;承擔交通建設市場主體的信用管理;依法處理交通建設過程中利益關系人的投訴;組織擬訂交通運輸行業科技與信息化發展戰略、規劃和計劃;組織實施交通運輸行業重大科技項目攻關、創新技術引進開發和科技成果管理;指導協調交通運輸行業信息化項目建設與管理;組織并指導交通運輸行業標準計量、知識產權、技術交流、行業創新體系建設工作;指導并監督交通運輸行業質量、技術工作;負責全市農村公路建設計劃編制、資金撥付、安全管理、質量管控等工作。
（四）財務審計科。指導交通運輸行業財務、會計和審計工作;參與擬訂交通運輸發展的資金籌集政策;提出有關財政、價格等政策建議;負責組織編報部門預決算;承擔交通運輸資金的申請、撥付、監管及會計核算工作;組織機關及所屬事業單位開展內部審計并完善內部控制機制;指導監督機關及所屬事業單位國有資產管理和政府采購工作。
（五）安全監督科（應急辦公室）。組織擬訂并監督實施公路、水路和港口安全生產政策和應急預案;負責公路、水路和港口安全生產綜合監督;負責有關安全生產和應急處置體系建設，監督所屬單位安全生產監管工作;依法組織或參與有關事故調查處理工作，監督事故查處的落實情況;承擔公路、水路和港口突發公共事件應急管理工作。
（六）港口科。負責全市沿江沿海及內河港口發展、改革、管理工作;擬訂全市港口發展政策和管理制度，統籌推進現代化港口體系建設和港口資源利用研究;負責全市港口岸線、陸域、水域管理和經營市場秩序監管;負責港口設施保安履約管理工作;負責指導航道、錨地、過駁區等公用基礎設施管理工作;負責沿海港區引航行政管理;負責港口對外合作及港際交流;負責交通運輸行業生態環保工作的政策制定、統籌協調和督促檢查;指導和推進交通運輸行業污染防治工作;依法組織或參與環境污染事件調查處理工作。
（七）鐵路科。配合做好鐵路項目的申報立項、勘測、設計等前期工作;配合做好鐵路建設資金的籌措工作;協調全市境內鐵路建設的征地拆遷;負責協調鐵路建設過程中的矛盾和問題，協調處理鐵路和地方建設關系;配合做好鐵路運營方面的相關工作。