南通市海門區政府辦公室設下列內設機構：
（一）綜合科（區政府總值班室）
（二）調研科
（三）秘書一科
（四）秘書二科
（五）秘書三科
（六）秘書四科
（七）秘書五科
（八）區政府督查室
（九）外事科
（十）法制和政務公開科
