區政府辦公室是區政府工作部門，協助區政府領導同志處理區政府日常工作，為正科級。掛區政府研究室、區政府外事辦公室牌子。主要職責是：
（一）按照區政府要求，抓好黨中央、國務院及省委、省政府、南通市委、市政府和海門區委、區政府重大決策部署的貫徹落實。
（二）負責區政府會議的準備工作，協助區政府領導同志組織實施會議決定事項。
（三）協助區政府領導同志組織起草或審核以區政府、區政府辦公室名義發布的公文。負責起草《政府工作報告》及區政府其他重要文稿。
（四）圍繞中心工作，開展調查研究，發揮參謀助手作用。組織或參與對全區經濟社會發展重大問題的調查研究和決策咨詢。組織、協調全區政府系統的調查研究工作。
（五）辦理黨中央、國務院和國家各部委，省委、省政府及省委各委辦廳局，南通市委、市政府及各委辦局，外地發送區政府的公文。研究區各部門單位和各區鎮政府請示區政府的事項，提出審核意見，報區政府領導同志審批。
（六）督促檢查區政府各部門單位和各區鎮政府對黨中央、國務院、省委、省政府、南通市委、南通市政府及區委、區政府決定事項，區政府領導同志批示指示的貫徹落實情況，及時向區政府領導同志報告。
（七）負責南通市和本級人大常委會、政協交辦區政府的有關提案、建議及批評意見的辦理工作。
（八）負責區政府值班工作，及時報告重要情況和突發事件信息，傳達和督促落實區政府領導同志的批示指示。
（九）負責向國務院辦公廳、省政府辦公廳、南通市政府辦公室和區政府領導同志報送重要政務信息。收集編寫信息，準確反映動態，及時報告有關情況，提出對策建議。
（十）負責全區外事管理、服務和協調工作。
（十一）負責推進、指導、協調、監督全區政務公開和政府網站、政務新媒體工作。
（十二）負責全區政府系統電子政務的規劃、管理和組織建設工作。
（十三）負責區政府文件的發布、解釋和清理規范工作，依法辦理區政府有關法律事務。
（十四）推進、指導、協調、監督全區公共機構節能工作。負責區級公共機構節能管理工作。
（十五）完成區委、區政府交辦的其他任務。