區司法局設下列內設機構：
（一）區委依法治區委員會辦公室秘書科。承擔區委依法治區辦日常工作；開展全面依法治區理論與實踐調研工作，提出政策建議；承辦全面依法治區工作規劃建議的協調工作；組織起草全面依法治區有關重要文件，參與起草綜合性文件，研究提出建設法治海門、法治政府、法治社會的意見和措施；負責擬訂全面依法治區決策部署的年度督察工作計劃，開展重大專項督察，提出督察意見、問責建議；制定法治海門、法治政府、法治社會建設指標體系的考核標準并組織實施，檢查、督促和指導全區法治建設，推動實施法治為民辦實事工作；統籌規劃、綜合協調、督促指導全區依法行政工作；指導全區法治人才隊伍建設相關工作。
（二）辦公室。負責機關日常運轉，承擔信息、保密、信訪、檔案、政務公開等工作；負責機關政務活動的組織實施和督查督辦；負責公文審核和綜合性文件的起草工作；開展司法行政工作的理論與實踐調研工作，提出政策建議；負責擬訂本系統發展戰略、中長期規劃、重大政策；負責推進司法行政改革工作；指導對外交流合作、涉港澳臺交流合作等事務。指導本系統財務、物資裝備和基本建設管理工作，擬訂建設標準、經費保障和財務管理辦法；指導、監督本系統中央政法補助專款、省級轉移支付資金和基建投資的使用工作；監督管理本系統的警用車輛、通訊及物資裝備；負責局機關的預決算、財務管理、國有資產管理、政府采購及后勤保障、安全保衛等工作；指導所屬事業單位的財務管理工作；負責本系統信息化建設；負責本系統內部審計工作。
（三）政工科。承擔機關及所屬事業單位的干部人事、機構編制、勞動工資等工作；指導監督本系統隊伍建設；按照干部管理權限考核任免干部，協助組織部門開展區鎮司法所公務員的招考、錄用工作；配合做好法律服務人員專業技術職務的評審工作；指導本系統思想政治工作；制定本系統干部教育培訓規劃并組織實施；負責本系統宣傳教育工作；管理本系統表彰獎勵工作；參與指導本系統法律職業教育工作；負責離退休干部工作。
（四）備案審查科。負責擬訂區政府規范性文件年度制定計劃和編制重大行政決策目錄；辦理有關區政府規范性文件和擬由區政府批準的區級部門規范性文件的合法性審查工作；承擔區政府規范性文件的清理、評估和執行情況跟蹤檢查工作；指導全區規范性文件制定審核及清理工作；承擔規范性文件制定主體資格的認證工作；承擔區政府規范性文件的報備工作；承辦各區鎮、部門規范性文件的備案審查工作；承辦局機關規范性文件審查工作；辦理公民、法人或其他組織對各區鎮、部門規范性文件提出的合法性審查申請事項；承擔區政府法律顧問職責；指導、監督和協調全區政府法律顧問工作；承擔區政府合同審查工作，指導監督各區鎮、部門合同審查工作。
（五）行政復議應訴科。制定行政復議、行政應訴工作制度；承辦向區政府申請行政復議的案件，處理或者轉送行政復議案件中對有關規范性文件的審查申請；代理區政府因行政復議引發的訴訟事務；處理涉及行政復議、行政應訴的來信來訪事項；承擔全區行政復議、行政應訴案件統計和重大行政復議決定報備工作；負責局機關行政應復應訴工作；指導、監督全區行政應復應訴和行政賠償工作；協調區政府涉訟法律事務；承辦向區政府申請的行政賠償案件；負責全區行政復議、應訴人員的培訓工作；承擔區行政復議委員會辦公室的日常工作。
（六）社區矯正工作科（社區矯正執法大隊）。貫徹執行社區矯正法律、法規、規章和政策；制定并組織實施全區社區矯正工作規劃和管理制度；指導監督并組織實施全區社區矯正的刑罰執行、監督管理、教育幫扶工作；指導、組織社會力量和志愿者參與社區矯正工作；組織指導社區矯正工作的宣傳、培訓和理論研究工作；依法審核辦理或提請有關社區服刑人員刑罰變更執行案件，負責對社區服刑人員提請警告處罰的審核，負責對社區服刑人員居住地變更的審批；指導、協調和參與全區社區矯正突發事件的應急處置工作；指導、協調刑滿釋放人員幫教安置工作。
（七）行政執法協調監督科。負責行政執法的綜合協調工作；指導、監督各區鎮、部門行政執法工作，推進嚴格規范公正文明執法；指導、推進全區相對集中行政處罰權、行政許可權工作；承擔行政執法主體資格的認證工作；負責行政執法證件核發及管理工作；負責協調行政執法體制改革、行政執法的普遍性重要性問題；負責區政府“放管服”改革措施的法制協調工作；指導行政裁決工作；指導協調推行行政執法公示、執法全過程記錄、重大執法決定法制審核“三項制度”工作；受理對行政執法行為的投訴，對違法行政行為提出督查處理建議；承擔報區政府批準的有關行政強制措施的合法性審查工作；組織行政執法業務培訓；承擔區全面推進依法行政工作領導小組辦公室的日常工作。
（八）普法依法治理科。負責擬訂法治宣傳與普法教育規劃和年度計劃并組織實施；指導、監督各地各部門“誰執法誰普法”普法責任制落實工作，推進全民普法；指導、監督國家工作人員學法用法工作；指導各地各部門各行業依法治理和法治創建工作；組織對外法治宣傳工作；指導社會主義法治文化建設工作；承擔區普及法律知識領導小組辦公室的日常工作。
（九）人民參與和促進法治科。負責制定全區保障人民群眾參與、促進、監督法治建設的制度措施；負責面向社會征集法律法規制定項目建議有關工作；指導人民團體、群眾自治組織和社會組織參與、支持法治社會建設工作；指導推進司法所建設；指導人民調解、行政調解和行業性專業性調解工作；負責人民陪審員選任管理工作，指導基層法律服務工作；指導、監督區人民調解協會、區基層法律服務工作者協會工作；承辦全區基層法律服務所的設立、變更、注銷的核準登記、年檢工作的初審和報送；根據職權對基層法律服務工作者和基層法律服務所違規違紀行為予以相應的行政處分；承擔全區醫患糾紛人民調解工作領導小組辦公室的相關工作。
（十）公共法律服務管理科（區法律援助中心）。負責規劃和推進全區公共法律服務體系和平臺建設工作；指導、監督、實施全區法律援助工作；協助上級司法行政部門指導、監督司法鑒定、仲裁工作；指導社會組織和志愿者開展法律服務工作。
（十一）公證律師管理科（行政服務科）。指導、監督全區公證法律法規和政策的貫徹執行；指導、監督全區公證機構和公證員依法開展執業活動；負責擬訂、調整全區公證機構設置方案、公證員配備方案；負責全區公證機構的設立初審、公證機構負責人核準工作；參與公證員專業技術職稱評審工作；開展區屬公證機構和機構負責人的年度考核工作；編制全區公證名冊。指導、監督全區律師工作；擬訂全區律師行業長遠發展規劃和工作計劃并組織實施；指導、監督全區律師事務所和律師依法開展執業活動；指導、監督在我區設立的外國（境外）律師機構的工作；指導、監督全區黨政機關、企事業單位法律顧問工作；指導、監督全區公職律師、公司律師工作；負責管理涉港澳臺有關律師事務，承辦司法行政涉港澳臺法律事務；參與律師專業技術職稱評審工作；協助省司法廳、南通市司法局開展全區律師年度考核工作；指導區律師協會工作；承擔律師行業黨建工作；具體承擔局行政服務事項，負責局行政審批事項的受理、組織、協調、跟蹤、督促；負責全區律師事務所設立、變更、注銷、年度注冊初審工作；負責全區申請律師執業人員的實習申請、申領執業證的初審工作。負責我區律師和律師事務所違法行為的調查并向上級司法行政部門提出處罰建議。
（十二）機關黨總支。負責機關及所屬事業單位的黨群工作。