（一）辦公室 負責機關日常運轉，承擔信息、安全、保密、信訪、新聞宣傳、財務管理、政務公開、黨群等工作；承擔重要文稿的起草和審核有關工作；擬訂審計工作的規章制度；負責機關及所屬事業單位的干部人事、機構編制、勞動工資、教育培訓和審計專業技術職稱考評等工作；負責審計人才隊伍建設；負責機關退休干部工作；承擔區委審計委員會辦公室的日常工作。
（二）法規與審理科承擔機關有關規范性文件的合法性審查，承擔機關行政復議、行政應訴等工作；審理有關審計業務事項，監督檢查業務科室審計業務質量，糾正或責成糾正業務科室違反國家規定作出的審計決定；負責對重大違紀違法問題線索的移送協調；擬訂審計工作政策、規劃和計劃；統一管理全區審計項目計劃；對審計工作相關重要問題進行研究，對審計成果進行整理研究和綜合利用。
（三）績效督查科 負責全區政策跟蹤審計項目計劃的制定；組織審計國家和省市有關重大政策措施貫徹落實情況；參與省市開展的大督查和專項督查；依法組織檢查審計決定執行情況，督促整改審計查出的問題；推動建立健全內部審計制度，對內部審計機構進行業務指導，監督內部審計職責履行情況，檢查內部審計業務質量；組織協調對社會審計機構出具的相關審計報告的核查。
（四）財政金融企業審計科 組織審計區本級預算執行情況、決算草案和其他財政收支，區、鎮政府預算執行情況、決算草案和其他財政收支，區級財政轉移支付資金；牽頭起草審計結果報告、審計工作報告及審計整改工作報告、審計整改結果公告；組織審計區屬國有金融機構和區政府規定的市級國有資本占控股或主導地位金融機構的資產、負債和損益；組織審計區級金融管理部門預算執行情況、決算草案和其他財政財務收支及其主要負責人的經濟責任履行情況；組織審計區屬國有企業和區政府規定的區級國有資本占控股或主導地位企業的資產、負債和損益、財務收支及其主要負責人的經濟責任履行情況；負責區屬國有企業監事會職責；組織審計區屬有關企業的資產、負債、損益及駐外非經營性機構的財務收支；根據上級審計機關授權，組織審計國際組織和外國政府援助、貸款項目；負責相關領導干部的經濟責任審計。
（五）農業農村與自然資源資產審計科 組織審計農業農村、扶貧開發以及其他相關公共資金和建設項目；組織開展領導干部自然資源資產離任審計以及自然資源管理、污染防治和生態保護與修復情況審計；負責相關領導干部的經濟責任審計。
（六）行政事業與社會保障審計科 組織審計區級各部門、事業單位、人民團體的財政財務收支；組織審計區政府相關部門、區政府管理和其他單位受區政府及其部門委托管理的社會保障基金、社會捐贈資金以及其他有關基金、資金的財務收支；負責相關領導干部的經濟責任審計。
（七）電子數據審計科 負責和指導審計機關“金審工程”的推廣使用；組織開展審計業務電子數據的采集、驗收、整理和綜合分析利用；組織對區級有關部門和國有企事業單位網絡安全、電子政務工程和信息化項目以及信息系統審計；承擔局機關信息系統管理工作。
（八）區委審計委員會辦公室秘書科 承擔區委審計委員會辦公室的日常工作。