區醫療保障局設下列內設機構：
（一）辦公室（政策法規科）。負責機關日常運轉，承擔信息、宣傳、安全、保密、信訪、檔案、政務公開和對外合作交流等工作；負責機關財務管理工作，對所屬事業單位專項資金使用情況進行監督檢查，指導開展績效評估；負責機關及所屬事業單位的黨群工作；承擔機關及所屬事業單位的干部人事、機構編制、教育培訓、老干部管理等工作。
組織開展醫療保障工作有關政策研究，擬訂全區醫療保障發展政策和計劃；組織起草醫療保障的重要政策文件，承擔規范性文件的合法性審查，承擔行政執法監督、行政復議、行政應訴等工作。
（二）待遇保障科（基金監管科）。貫徹執行上級醫療保障籌資和待遇政策，建立醫療保障待遇調整和確定機制，完善城鄉醫保籌資機制，統籌城鄉醫療保障待遇標準；統籌推進多層次醫療保障體系建設，負責統籌城鄉醫療救助、城鄉居民大病保險和其他各項補充保險的管理工作；貫徹執行上級醫療保障關系轉移接續政策；組織實施長期護理（照護）保險制度和標準；承辦離休干部醫藥費統籌管理服務工作。
貫徹執行上級醫療保障基金監督管理辦法，建立健全醫療保障基金安全防控機制，監督管理納入醫保支付范圍的醫療服務行為和醫療費用，組織開展打擊欺詐騙取醫療保障基金行為；協同做好醫療保障基金預決算管理；加強醫療保障經辦內控機制建設，規范醫保經辦業務；建立健全醫療保障信用評價體系和信息披露制度；依法查處醫療保障領域違法違規行為；統籌推進統一規劃、統一標準的醫療保障信息化建設，建立健全醫療保障經辦服務平臺、異地就醫費用結算平臺、醫療保障基金智能監控平臺和醫療保障數據管理平臺，加強醫療保障數據集中、分析、運用和發布，對醫療保障基金實行實時動態監管。
（三）醫藥管理科。貫徹執行上級基本醫療保險目錄和大病保險目錄及支付標準，落實目錄準入規則；擬訂定點醫藥機構醫保協議和支付管理，貫徹執行異地就醫管理和費用結算辦法，組織實施醫保支付方式改革；組織開展藥品、醫用耗材、醫療技術的經濟性評價。貫徹執行上級藥品、醫用耗材價格和醫療服務項目等政策，組織制定醫療服務設施收費等政策，建立醫保支付醫藥服務價格合理確定和動態調整機制，推動建立市場主導的社會醫藥服務價格形成機制，建立價格信息監測、成本調查和發布制度；監督實施藥品、醫用耗材的招標采購、配送及結算管理政策，推進招標采購平臺建設。組織實施醫療保障精準扶貧工作，負責擬訂全區醫療救助政策并組織實施。