南通市海門區行政審批局主要職責是：
（一）負責全區政務服務綜合管理和業務指導。擬訂政務服務發展規劃，制定全區政務服務管理規范性文件。
（二）負責全區“放管服”改革工作的統籌協調和組織實施。
（三）負責辦理區級涉及市場準入、投資管理、規劃審查、安全審查、工程許可等方面的行政審批事項，并承擔相應的法律責任。
（四）負責規范全區行政審批和政務服務行為，建立和完善相應工作機制。負責組織政務服務事項流程優化、材料簡化、時限壓縮等工作，并對辦理情況進行督辦。組織區級政務服務事項集中受理辦理。協調解決進入區政務服務大廳事項辦理中出現的相關問題。
（五）負責區政務服務大廳的建設和管理，對各進駐部門、單位的政務服務行為進行監督檢查，對窗口工作人員進行日常管理、教育培訓和督查考核。負責區政務服務綜合標準化建設工作。參與對實施行政審批涉及的中介服務行為進行監督。
（六）負責全區一體化在線政務服務平臺設計規劃、建設推進、統籌協調和監督指導等工作。負責擬訂全區政務服務信息化建設發展規劃、年度工作計劃及實施方案。負責對全區政務服務“一張網”建設的技術指導、業務培訓等工作。負責建設全區統一的“互聯網+監管”平臺，歸集共享監管數據，維護監管系統和監管數據安全。
（七）負責對全區政務服務代辦幫辦工作的指導、管理和協調。負責推進區政務服務代辦幫辦平臺一體化建設和整體聯動。
（八）負責受理區政務服務相關投訴并按有關規定進行處理。
（九）負責全區政務服務體系建設，協調和指導區鎮（街道）政務服務工作。
（十）完成區委、區政府交辦的其他任務。
（十一）與區市場監督管理局的有關職責分工。區行政審批局負責全區內資有限公司及分公司、內資非公司企業法人、內資非法人企業、非公司私營企業及內資非公司企業分支機構、個體工商戶、農民專業合作社及其分支機構的登記注冊及藥品零售、醫療器械經營的許可工作。區市場監督管理局負責對提交虛假材料或采取其他欺詐手段隱瞞重要事實取得公司登記等相關行政許可的行為進行調查處理，對需要撤銷登記或許可的，建議區行政審批局作出撤銷決定。